دما، تشعشع و شرایط اقلیمی داخل گلخانه قابل تغییر است و این تغییرات به طبیعت، خصوصیات پوشش گلخانه، شدت جابجایی هوا، شکل و جهت استقرار گلخانه خصوصیات ظاهری، استقرار گیاه و شرایط تبخیر و تعرق گیاه وابسته است. میکرواقلیم در قسمتهای مختلف گلخانه از قبیل کناره های گلخانه، مرکز گلخانه، سطح و کف گلخانه، سقف گلخانه و قسمت های مختلف کانوپی گیاه یکنواخت نیست.